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根据马来西亚法律, 所有团体 (Societies, Associations, Non-Government Organizations) 必须依照 1966 年社团法令 (Societies Act 1966) 向马来西亚政府的社团注册局 (Registrar of Societies, ROS) 登记注册, 如此才能以团体名义在社会上活动。 因此, 绝大多数的华人社团 ("华团") 都依据此法令注册。 但是也有华团并没依据社团法令注册, 而是按照公司法 (Companies Act) 登记成为非营利有限公司。
不论团体是否根据社团法令注册, 它们的组织结构并无多大差异。 在每一个华团中, 会员大会 (Annual General Meeting, AGM) 是最高的权力机构, 通常一年召开一次, 或者因紧急状况召开紧急会员大会 (或特别大会 Extraordinary General Meeting, EGM)。 华团每隔一段时间 (通常是 1 ~ 3 年不等) 进行选举, 选出新的理事会和监督机构, 负责华团的日常运营。 理事会中以会长为首, 并有署理会长、 副会长、 文书、 财政、 总务与其他负责不同事务的理事所组成 (其他职位按照其社团需要制定)。 一些华团也设有各种不同的委员会, 专门处理某项事务。 这些委员会除了因应团体长期或重要的专门事务而设立之外, 有些是因应国家政策或重大事件而设立。 各个华团的监督机构名字各有不同, 与理事会一样都是通过选举产生, 在会员大会休会期间, 代替会员监督理事会。一些华团内部设有妇女组与青年团。 它们虽然是华团的下层组织,但拥有完整的行政结构组织。 妇女组通常以照顾妇女福利为主, 青年团则有培养社团接班人的目的。
一些华团有分会和属会。 一些工商团体在各州设有分会,各地分会在会名之后加上各自的州属。 一些华团具有总会性质,除了上述工商团体之外,也有的华团是以当地华团或马来西亚境内的方言群社团为会员,以及以方言群作为凝聚力的华团。
会员可分为个人会员、 团体会员与公司会员。 个人会员顾名思义, 就是个别人士参与的会员。 团体会员则是代表某个团体来参加。 不同团体按照个体的性质和需要, 决定接受哪些对象成为会员。 大部分华团都接受个人会员。 有些地方性且偏重某方面的华 团, 通常也只收个人会员。 一些具有某地华团总会性质的华团, 除了个人会员之外, 也会接受团体会员。 也有少数总会性质的团体完全不接受个人会员, 只接受团体会员。 此外,商业性质的华团会员中也有公司会员 (与团体会员类似以公司名义加入) 。
现今马来西亚各州都有一个当地的华团总会, 在这些总会之上还有一个全国性的华团总会, 即马来西亚中华大会堂总会 (简称 “华总”)。 全国各州的 13 个华团总会都冠以当地州名, 名字分别如下: 玻璃市华人大会堂、 吉打华人大会堂、 槟州华人大会堂、 霹雳中华大会堂、 吉隆坡暨雪兰莪中华大会堂、 森美兰中华大会堂、 马六甲中华大会堂、 柔佛州中华总会、 彭亨华人社团联合会、 登嘉楼中华大会堂、 吉兰丹中华大会堂、 砂拉越华人社团联合总会, 以及沙巴中华大会堂。在各州, 许多当地的华团加入所属各州的华团总会。 这些加入当地华团总会的华团, 除了血缘组织、 地缘组织、 业缘组织和学缘团体之外, 也包括了文教组织、 体育团体、 宗教组织、 福利慈善组织、 义山组织、 俱乐部组织等等。
简言之, 现今的马来西亚华团必须按照社团法令或公司法注册, 并且内部有选举及各个职位负责社团的营运。 甚至有的社团内部设有青年团与妇女组, 外部则可按其所在地或所属方言群,加入当地的华团总会或者方言群总会。 社团也具有各种功能,满足政治、 经济、 社会等各层面的需要。